A középkorban Miskolc két elkülönült városrészben élte életét. A mai Kossuth utca vonalában húzódó csatorna választotta el egymástól az óvárost és a XV. század környékén kialakult újvárost. Temetkezési helyül a mai tetemvári temető szolgált. Az 1544. évi törökdúlás után újjáépült újváros lakóit az 1600-as évek első harmadában pestisjárvány tizedelte. Ekkor a „külső" temetőben több száz holttestet magasra hantolt tömegsírba fektettek. A helyet ettől kezdve hívják Csontvárnak, majd Tetemvárnak.
A tetemvári templomra utaló feljegyzések közül 1698 -ból való a legkorábbi, mely szerint abban az esztendőben „zsindelyezték meg a külső temetőben lévő isteni szolgálatra emelt helyet". Ennek a helyére 1727 -ben már kőalapra emelték az újabb templomot, melyet tölgyfa gerendákból ácsoltak. Ezt a fatemplomot általános istentiszteleti célokra csak 1785 -től használták, de csak 1808-ig, ekkor ugyanis felépült a Kossuth utcai templom, amely után ismét csak temetkezési célokra használták.
A következő években, évtizedek során a templom tönkrement, gerendázata elérett, az összeomlás veszélye is fennállt. De nem volt pénz az újjáépítésre. Lebontani nem akarták, már csak azért sem, mert a város ismert polgára, Bató István és neje jelentős pénzösszeget hagyott a templom folyamatos felújítására. „Ezen deszkatemplom tartassék fenn a legjobb karban időről időre mindaddig, míg Miskolcz városában helvét-hitvallású protestáns egyházi tagok és Egyház leendek... ha megégne is az, az alapjából, deszkából és fából építtessék fel" - olvashatjuk az 1882-ben írt végrendeletben.
Végül megszületett a döntés: a templomot le kell bontani, de hasonlóan, gerendákból kell felépíteni az újat. A költségeket a Bató-alap jövedelméből és a hívek adományaiból fedezték.
Az új Deszkatemplomot 1938 szeptemberében szentelték fel, amely ettől kezdve ismét istentiszteleti hely lett. Az 1949 -től különálló tetemvári gyülekezet első önálló lelkésze Dr. Szilágyi István volt, akinek munkáját 1986 -tól Benke György folytatta. 1996 -tól 2007 nyaráig Dr. Kádár Péter és felesége, Dr. Kádár Péterné Balogh Mária lelkészházaspár látták el a lelkipásztori szolgálatokat. 2007-2013 között Fehér Norbert volt az egyházközség lelkésze. 2013 óta Almási Ferenc pásztorolja a gyülekezetet.
Az évek során ismét folyamatosan romlott a templom állapota. Ahogy a közösség anyagi helyzete engedte, úgy követték egymást a kisebb-nagyobb felújítások, műszaki korszerűsítések. Előbb-utóbb szükség lett volna egy nagyobb rekonstrukcióra is - de nem ilyen áron...
1997. december 4-én hajnali 3 órakor a betörésvédelmi berendezések jelzése miatt a helyszínre érkező rendőrjárőr és egy szemtanú értesítette a tűzoltókat, hogy tüzet észleltek a Tetemvári Deszkatemplom délnyugati oldalán. A lángok gyorsan felkúsztak a toronyra és a főhajó tetőzetére. A falak, a tetőszerkezet, a zsindelyfedés mind-mind fából készült, így a templom percek alatt iszonyatos, a környéket és a Tetemvárat megvilágító óriási fáklyává változott. A tetőszerkezet templomtérbe zuhanó égő darabjai elpusztították a bútorokat, padsorokat és kegytárgyakat. Így pusztult el a város egyik legjelentősebb műemléke, a helyi tradíciókat őrző, „60. születésnapjára készülő" Deszkatemplom.
A pusztulás döbbenetével és a részvétnyilvánításokkal egyidejűleg megfogalmazódott a közakarat: a templomot újjá kell építeni! Ezt a szándékot tükrözték a szinte azonnal befutó felajánlások, pénzadományok. Az utóbbi évtizedek építési feladataitól eltérő, különleges feladat nagy kihívást jelentett az építész szakemberek számára. A jelentkezők kötelességüknek érezték, hogy szakmai tudásukkal hozzájáruljanak a kiemelkedő jelentőségű műemléképület újjáépítéséhez.
A munkálatokat irányító szakemberek egyetértettek abban, hogy műemlékvédelmi okokból és a hívek érzelmi kötődése miatt az épületet nem szabad az alapokig visszabontani, hanem meg kell menteni mindazt, ami még menthető - ezzel biztosítható a teljes hitelesség!
Először a bontás munkálatait kellett elvégezni, hogy kiderülhessen: mi az, ami maradhat, amire lehet építeni és mi az, amit feltétlenül el kell bontani. Ezután következhetett a tulajdonképpeni építés. A helyreállítási munkálatok jelentős állomása, látványos művelete volt a főtorony zárófödémére kerülő ácsszerkezet 1998. július 22-i beemelése, majd szeptember 17-én a terepszinten összeállított toronycsúcs zsindelyezett állapotban való beemelése.
A harangszentelésre a templom felszentelésének 60. évfordulóján, szeptember 19-én került sor.
A külső munkák végzésével egy időben a templom belső terében készült az új padlófűtés, a belső felületek burkolása, az épületgépészeti és villanyvezetékek szerelése. Így vált lehetővé, hogy a templomukat egy éve nélkülöző hívek gyertyafény mellett ünnepelhették a karácsonyt.
A templom műszaki átadására 1999. április 9-én került sor, ekkor kezdték el beszállítani az addigra elkészült bútorokat. Kezdettől fogva kiemelt kérdés volt a következő: Milyen belső elrendezés tekinthető eredetinek? Kevesen tudták ugyanis, hogy az 1938-ban épült templom eredetileg a református templomok hagyományával egyezően „centrális" elrendezésben készült: az úrasztala és a szószék nem a hosszhajó tengelyében helyezkedett el, hanem arra merőlegesen, oldalt a főtoronnyal szemben állt. Az átrendezésre, a „főbútorok" templomhajó tengelyébe helyezésére az 1950-es ével elején került sor. Akkor a gyülekezet igényeinek az az elrendezés felelt meg jobban, mára azonban megváltoztak ezek az igények, hiszen a különben temetések alkalmával használatos ún. cintermet is megtöltötték az istentiszteletre érkező hívek.
Az orgona újjáépítése 2000. évben folyt Albert Miklós terveivel és munkájával. A hangszerek királynője egy 21 regiszteres, 2 manuálos, mechanikus hanképzésű orgona, amelyben elektronika csak a regisztratúrába van beépítve.
A nyugati pengefal, a déli kapuzat és kiskarzat csúcsíve ősi magyar rovásírás S betűjét formázza, amely a mennybolt szimbóluma. Ez illeszkedik a padfőkön látható életfavirág - tulipán - minta közepébe. A nyugati ólomüvegek rekonstrukcióját Horváth Mária üvegtervező készítette. Benne a kehely, az égő szívet tartó kéz és a Szentlélek-galamb a református jelképek szerint az úrvacsorát, az Istennek szentelt életet és a Szentlélek munkáját idézi.
A keleti ólomüvegek Kovács Keve János munkái a református egyház címerének elemeit ábrázolják: a zászlós bárány Krisztus-szimbólum , az égő napkorong Krisztus dicsőségét szimbolizálja, a főnixmadár pedig a feltámadást, a reformációt. Ez utóbbi jelkép látható a szószékkoronán is. Az úrasztala központi reliefje kehelyábrázolás , fedőlapjának kerete a kétszázéves délvidéki szentlászlói templom tölgyfakapujából való. A templombelső fűrészelt és faragott mintái: a szív, a székely-csillag, az andráskereszt, a tulipán ősi magyar és keresztyén jelképeink ékes darabjai.
A templom faanyaga 95%-ban fenyő - vörös, borovi és lúc. Az épület térdhajtásos, ikerdúcolásos-függesztéses szerkezete a székely építőmesterek hagyománya, amelyet a hajdani tervező, Szeghalmy Bálint elsőként itt elevenített föl a XX. században.
A Deszkatemplom egész ikonográfiáját - díszító jelképábráit - az élet és a halál találkozását fejezik ki, amelyben az élet - Krisztus ereje által - diadalmaskodik.
"Isten dicsőségére és az emberi múlandóság
emlékezetére,
fából és deszkából épült Bató István
s neje, Imre Eszter
alapítványából és az áldozatkész hívek
adományiból.
1938
"Lángba borították szent helyedet, porig alázták
neved hajlékát"
"Fölépítik fiaid az ősi romokat, falat emelsz a
régi alapokra"
"Ti magatok is mint élő kövek épüljetek lelki
házzá!"
1999
E szent hely a keresztyénség és a magyarság
áldozatából újjáépült hamvaiból,
felszentelték Orbán Viktor miniszterelnök és
Kobold Tamás polgármester jelenlétében.
Egyedül Istené a dicsőség!"
Az újjáépült Deszkatemplom rovásírásos felirata a legénykarzat gerendáján olvasható háromszor hármas tagolásban
A tetemvári gyülekezet újra birtokba vehette kedves templomát, nem csupán megújult külsővel és belsővel, de megváltozott templomtérrel együtt, amely nem csak a főbútorok elhelyezkedését érinti. A változtatásokat két támadhatatlan igény - és a „véletlen" szülte. A presbitérium elvárása az volt, hogy növekedjen a templom befogadóképessége. Így, mivel a nyugati falról korábbi helyére került az Úr asztala, az ottani ólomüveg ablakok alatt kialakították a legénykarzatot. Volt, hogy a véletlen is segítette a bővítés folyamatát. A templomtérben a torony belső oldalán előbukkant egy addig bedeszkázott, így nem ismert csúcsív. Nem lehet tudni, hogy miért és mikor tüntették el, de ez már nem is fontos. A döntés megszületett: a csúcsívet megtartva, ezen részen egy újabb, férőhelyeket jelentő karzatot alakítanak ki, elé pedig karzatmellvédet építenek, amely párja a leánykarzatnak és az új legénykarzatnak.